37 años después de que una explosión destruyera Tokio y provocara la 3ª Guerra Mundial, Neo-Tokio, la capital reconstruida, se prepara para ser anfitriona de los Juegos Olímpicos de 2020, pero en sus calles hay adolescentes pandilleros que consumen drogas y luchan por territorios. Kaneda, jefe de una banda, busca a su amigo Tetsuo, quien se topó en la autopista con un hombrecillo que tiene extraños poderes. El encuentro provocó un accidente y el ejército se llevó a Tetsuo, quien descubre que también posee poderes mentales, escapa y se apodera de una pandilla enemiga. Kaneda, que buscaba a su amigo, se inmiscuye con Kay, miembro de una organización clandestina que busca al hombrecillo misterioso. Cuando Kaneda se entera de lo que está haciendo Tetsuo, se enfurece y sale a detenerlo. Lo que comienza con una coincidencia y rivalidades entre bandas se convierte en un conflicto de proporciones épicas… Y en un gran clásico de la ciencia ficción.

Tras la catástrofe provocada por el dolor de Akira, Tokio se encuentra en un estado post apocalíptico. Un grupo misterioso de soldados se infiltra en la ciudad con un objetivo desconocido y se enteran de que Tetsuo se alió con Akira y fundaron el Gran Imperio de Tokio. Del otro lado de la ciudad se encuentra Miyako y ambos poderes han reunido una amplia base de fieles. En medio de todo, Kay y Chiyoko tratan de mantener estables a No. 27 y No. 25, quien le pide a Kay que encuentre a “No. 19”. Tras cumplir con la misión, el Imperio descubre que los niños también son importantes y comienza una carrera por obtenerlos. Mientras tanto, Tetsuo comienza a tener dudas, se entera de los secretos tras el Proyecto que creó a Akira y comienza a tomar cartas en el asunto, pero el Coronel está desesperado por terminar con la amenaza.